Xã Phúc Tân được thành lập vào ngày 1 tháng 10 năm 1983 trên cơ sở sáp nhập xã Phúc Thọ (có nhiều diện tích đất đai bị chìm trong lòng Hồ Núi Cốc) thuộc huyện Đại Từ với các xóm Tân Thắng, Đồng Đẳng của xã Phúc Thuận thuộc huyện Phổ Yên, xóm Yên Ninh của xã Phúc Trìu thuộc huyện Đồng Hỷ. Sau khi thành lập, xã Phúc Tân thuộc huyện Đồng Hỷ.[2]

Ngày 2 tháng 4 năm 1985, Hội đồng Bộ trưởng ra Quyết định số 102-HĐBT.[3] Theo đó, xã Phúc Tân được sáp nhập vào huyện Phổ Yên.

Ngày 15 tháng 5 năm 2015, thành lập thị xã Phổ Yên trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Phổ Yên.[4] Xã Phúc Tân thuộc thị xã Phổ Yên như hiện nay.